常用的沼气脱硫方法有：干法脱硫、湿法脱硫、生物脱硫等脱硫方法。
沼气净化干法脱硫：沼气从脱硫塔的一端，经过填料层（活性碳和氧化铁）净化后，从另一端流出硫化氢与填料层的氧化铁发生反应，生成硫化铁待氧化铁反应结束后，可进行再生。适用范围沼气流量小，浓度低，脱硫工艺结构简单、占地面积小，技术成熟可靠，造价低能够很好的满足沼气脱硫的需求。
湿法脱硫：将沼气送入洗涤塔，经碱性溶液洗涤吸收后流出，洗涤液进入富液槽、再生槽，通过使用化学药剂方法催化、氧化、终将硫化物转化为单质硫，吸收液可以再生循环使用。适用范围沼气流量大，浓度高，设备多占用面积大，需专人进行管理。
生物脱硫也是湿法脱硫的一种，与上述湿法脱硫的催化氧化工艺相比，区别是使用硫杆菌替代化学催化剂，将硫化物直接氧化成硫单质。适用范围沼气流量大，浓度高，占地面积比干法略大，全自动运行。
可根据硫化氢的浓度以及沼气和天然气消耗的比例，进行合理的选择，制定一个合理的脱硫效果。
脱水器外部采用碳钢结构（或不锈钢），内部防腐处理，当沼气以一定的压力从上部的进气口进入后，水滴在离心力作用下旋转与脱水器壁发生碰撞，使水滴失去动能与除尘和脱水的目的。而后脱水器内的水壁沿内壁向下流动，而存于装置底部，并定期排出。
沼气脱硫器是一种沼气应用装置，其特征在于脱硫瓶内的进气口上连接一个悬空的多孔管，多孔管尽可能长地横向伸入脱硫瓶内腔，多孔管上密布小孔，小孔的孔径小于氧化铁小颗粒的直径。
工作原理：从软体沼气池中出来的沼气中含大量的水气、粉尘杂质、硫化氢等有害气体，沼气经过初步的脱水除尘后进入脱硫器利用合理的反应条件可将沼气中的硫化氢脱至200PPm以下，脱硫后的沼气进入沼气增压风机进行增压输送，增压后的沼气进入缓冲系统进行缓冲，一方面进行沼气除杂处理、另一方面稳定送气压力以保后续发电机的稳定运行，缓冲稳压后的沼气进入终端用的设备。
作用：用于沼气中硫化氢置换，脱硫效率可达到99%。
硫化氢是一种带有臭鸡蛋味的无色有毒气体，也是沼气中主要的有害物质成分，危害着人体的健康，若沼气不进行脱硫，则必然导致对燃气发电设备，管道阀门，以及各类沼气用具的强烈腐蚀。
脱硫净化器设备需要根据用户每小时处理量/立方的多少进行定制，主要配套设施有：水封器、汽水分离器、阻火器、脱硫器、正负压保护器、沼气增压系统等。
沼气生物脱硫设备优点：
沼气脱硫器脱硫瓶结构简单，制造及维修方便，造价低廉，使用寿命长
不结垢、不堵塞，耐磨损、耐腐蚀
能耗低，不产生二次污染。